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Fine tuning of the E. coli NusB:NusE complex affinity to BoxA RNA is required for processive antitermination

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Burmann, Björn M. ; Luo, Xiao ; Rösch, Paul ; Wahl, Markus C. ; Gottesman, Max E.:
Fine tuning of the E. coli NusB:NusE complex affinity to BoxA RNA is required for processive antitermination.
In: Nucleic Acids Research. Bd. 38 (Januar 2010) Heft 1 . - S. 314-326.
ISSN 0301-5610
DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkp736

Abstract

Phage lambda propagation in Escherichia coli host cells requires transcription antitermination on the lambda chromosome mediated by lambdaN protein and four host Nus factors, NusA, B, E (ribosomal S10) and G. Interaction of E. coli NusB:NusE heterodimer with the single stranded BoxA motif of lambdanutL or lambdanutR RNA is crucial for this reaction. Similarly, binding of NusB:NusE to a BoxA motif is essential to suppress transcription termination in the ribosomal RNA (rrn) operons. We used fluorescence anisotropy to measure the binding properties of NusB and of NusB:NusE heterodimer to BoxA-containing RNAs differing in length and sequence. Our results demonstrate that BoxA is necessary and sufficient for binding. We also studied the gain-of-function D118N NusB mutant that allows lambda growth in nusA1 or nusE71 mutants. In vivo lambda burst-size determinations, CD thermal unfolding measurements and X-ray crystallography of this as well as various other NusB D118 mutants showed the importance of size and polarity of amino acid 118 for RNA binding and other interactions. Our work suggests that the affinity of the NusB:NusE complex to BoxA RNA is precisely tuned to maximize control of transcription termination.

Weitere Angaben

Publikationsform: Artikel in einer Zeitschrift
Begutachteter Beitrag: Ja
Institutionen der Universität: Fakultäten
Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften
Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie
Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie > Lehrstuhl Biopolymere
Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie > Ehemalige Professoren > Lehrstuhl Biopolymere - Univ.-Prof. Dr. Paul Rösch
Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie > Ehemalige Professoren
Titel an der UBT entstanden: Ja
Themengebiete aus DDC: 500 Naturwissenschaften und Mathematik
500 Naturwissenschaften und Mathematik > 500 Naturwissenschaften
500 Naturwissenschaften und Mathematik > 540 Chemie
500 Naturwissenschaften und Mathematik > 570 Biowissenschaften; Biologie
Eingestellt am: 19 Dec 2014 15:04
Letzte Änderung: 19 Dec 2014 15:04
URI: https://eref.uni-bayreuth.de/id/eprint/5327