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On the crowding state of cellular and biomimetic fluids

Titelangaben

Stiehl, Olivia:
On the crowding state of cellular and biomimetic fluids.
Bayreuth , 2017 . - 140,XLVII S.
( Dissertation, 2017 , Universität Bayreuth, Fakultät für Mathematik, Physik und Informatik)

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Abstract

Zelluläre Fluide sind voll von Makromolekülen. Im Zytoplasma werden Konzentrationen
von bis zu 400 g/l erreicht. Mögliche Folgen dieser dichten Umgebungen sind excluded
volume und anomale Subdiffusion. Zunächst wurde ermittelt wie die Anomalität bei konstanter
Volumenbesetzung eingestellt werden kann. Anschließend wurden mittels Fluoreszenzkorrelationsspektroskopie
(FCS) und Absorptionsmessungen die Auswirkungen des macromolecular
crowding auf biochemische Reaktionen in artifiziellen Fluiden untersucht. Bei
einer hohen Makromoleküldichte ist die Kinetik verlangsamt und es werden kompaktere
Konformationen bevorzugt. Dieser Effekt ist für reines excluded volume beobachtbar, ist
jedoch stärker ausgeprägt bei subdiffusiver Bewegung. Zudem wurde die Heterogenität von
zellulären und dichten, artifiziellen Fluiden auf der Meso- und Nanoskala mittels FCS und
Fluoreszenzlebensdauer-Mikroskopie (FLIM) bestimmt. Zelluläre Umgebungen haben sich
im Gegensatz zu einfachen, künstlichen Lösungen als heterogen auf beiden Längenskalen
erwiesen. Außerdem sind diese Fluide geeignet mittlere zelluläre Gegebenheiten auf der
Mesokala nachzuahmen, nicht aber auf lokaler Skala. DASPMI basierte FLIM Experimente in
lebenden Zellen haben die Auswirkungen von Chemotherapeutika auf verschiedene Organellen
auf lokaler Ebene dargelegt. Diese vielversprechenden Ergebnisse haben die Entwicklung eines
automatisierten Algorithmus hervorgerufen, welcher Bildregionen den jeweiligen Organellen
zuordnet und somit die Anwendung von DASPMI für screening assays ermöglicht.

Abstract in weiterer Sprache

Cellular fluids are crowded with a plethora of macromolecules reaching concentrations of
400 g/l. These crowded environments manifest themselves via excluded volume and a possible
subdiffusion. Initially, the diffusion anomaly was found to be tunable at constant volume
occupancy. Then, the impact of macromolecular crowding on biochemical reactions was
investigated via fluorescence correlation spectroscopy (FCS) and absorption measurements in
artificial solutions. Crowding was found to not only decelerate the kinetics but also the steady
state equilibria are shifted towards more compact conformations. This impact is already
observable for pure excluded volume but it is enhanced in the presence of subdiffusion.
Moreover, the heterogeneities of cellular and artificial crowded fluids were designated on
the meso and local scale via FCS and fluorescence lifetime imaging microscopy (FLIM).
Cellular fluids feature a marked heterogeneity on both length scales in contrast to simple,
artificial solutions, which may represent average intracellular conditions on the meso scale
but not in the range of few nanometers. Facing the local scale, in-vivo-FLIM was performed
on the sensor dye DASPMI in order to characterize the impact of chemotherapeutics in
distinct cellular compartments. These promising results have induced the development of an
automated algorithm how the observable organelles can be dissected in order to facilitate a
future application of DASPMI for screening assays.

Weitere Angaben

Publikationsform: Dissertation
Keywords: macromolecular crowding; DNA hairpin loop; subdiffusion; excluded volume; molecular rotor; FLIM; FCS; DASPMI; heterogeneity; chemotherapeutics; kmeans; screening assay; reaction kinetics;
Institutionen der Universität: Fakultäten > Fakultät für Mathematik, Physik und Informatik > Physikalisches Institut > Lehrstuhl Experimentalphysik I > Lehrstuhl Experimentalphysik I - Univ.-Prof. Dr. Matthias Weiss
Graduierteneinrichtungen > Elitenetzwerk Bayern > Macromolecular Science
Fakultäten
Fakultäten > Fakultät für Mathematik, Physik und Informatik
Fakultäten > Fakultät für Mathematik, Physik und Informatik > Physikalisches Institut
Fakultäten > Fakultät für Mathematik, Physik und Informatik > Physikalisches Institut > Lehrstuhl Experimentalphysik I
Graduierteneinrichtungen
Graduierteneinrichtungen > Elitenetzwerk Bayern
Titel an der UBT entstanden: Ja
Themengebiete aus DDC: 500 Naturwissenschaften und Mathematik > 530 Physik
500 Naturwissenschaften und Mathematik > 570 Biowissenschaften; Biologie
Eingestellt am: 20 Mai 2017 21:00
Letzte Änderung: 20 Mai 2017 21:00
URI: https://eref.uni-bayreuth.de/id/eprint/37208