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Spectroscopic Investigations of Light-Harvesting 2 Complexes from Rps. acidophila

Title data

Kunz, Ralf:
Spectroscopic Investigations of Light-Harvesting 2 Complexes from Rps. acidophila.
Bayreuth , 2014 . - X, 138 p.
( Doctoral thesis, 2014 , Universität Bayreuth, Bayreuther Graduiertenschule für Mathematik und Naturwissenschaften - BayNAT)

Official URL: Volltext

Abstract in another language

A better understanding of light capturing and energy transfer processes in natural
photosynthesis can contribute to the development of a highly efficient, artificial,
molecular-based technology that utilizes the sun for mankind’s energy supply.
Being a prominent example, the light-harvesting 2 (LH2) antenna complexes located
in the photosynthetic apparatus of anoxygenic non-sulfur purple bacteria has
already provided a deep insight into how nature has developed a pigment-protein
complex with highly efficient light-harvesting and energy transfer characteristics
on a confined nanoscale geometry. In order to gain more detailed information
about the electronic structure in LH2 complexes from Rhodopseudomonas (Rps.)
acidophila (strain 10050), the absorbing and emitting states of these antenna complexes
have been studied in this thesis by means of ensemble as well as singlemolecule
fluorescence-excitation and emission spectroscopy at low temperature.
The outcome of this thesis helps to clarify some long-standing problems concerning
the discrepancies between the absorption and emission characteristics of ensembles
of isolated LH2 complexes from purple bacteria, as well as discrepancies between
the spectroscopic results obtained from ensemble and single-molecule studies on
these pigment-protein antenna complexes.
It was shown that the optical spectra of the ensemble sample, either dissolved
in bulk-buffer solution or, according to the single-molecule preparation method,
embedded in a thin polymer film, strongly depend on the sample preparation conditions
and temperature.
For the first time, fluorescence-excitation and emission spectra of the same individual
LH2 complexes could be recorded at 1.2 K. In these experiments a significant
difference between the emission spectra of single complexes concerning the correlation
between spectral positions and widths (full width at half maximum, FWHM)
was found. This strongly implied the existence of a different electron-phonon coupling
strength for each complex, and moreover, led to the conclusion that at least
for some of the complexes an exciton self-trapping process is effective.
In a subsequent experiment, series of emission spectra from individual LH2 complexes
have been recorded at 1.2 K with a significantly improved spectral and temporal
resolution. Drastic fluctuations of the emission profiles were found to occur
within individual complexes. In addition, the correlation between the shape and
the peak position of the emission spectra provides direct evidence for fluctuations
of the electron-phonon coupling strength not only within single LH2 complexes,
but also between different ones.
Finally, a direct comparison of fluorescence-excitation and emission spectra that
were recorded for the same individual LH2 complexes allowed, by reduction of
spectral and temporal inhomogeneities, an unambiguous assignment of the lowest exciton state for some of the LH2 complexes. This experiment provides evidence
that the emission of the lowest exciton state can result in a narrow zero-phonon
line and that emission spectroscopy of isolated LH2 complexes is to great extent
affected by fluctuations of the electron-phonon coupling strength in the individual
complexes. The work has resulted in four publications which can be found in part
II of the thesis.
In a first step (publication P1), a comprehensive optical characterization of ensembles
of isolated LH2 complexes has been performed as a function of sample
preparation conditions and temperature by means of steady-state fluorescenceexcitation,
emission and fluorescence-anisotropy excitation spectroscopy. Spectral
parameters (peak position, FWHM of the absorption/emission band, Stokes shift,
excitonic bandwidth, etc.) which have been obtained from the optical spectra of
LH2 ensembles, either dissolved in a buffer-detergent solution (with/without glycerol)
or embedded in a spin-coated thin polymer film, were compared with those
from native membranes at ambient and cryogenic temperatures. While bufferdetergent
solutions and the polymer film matrix are the environments commonly
used in bulk and single-molecule spectroscopic studies, respectively, native membranes
served as the reference in which the LH2 complexes are naturally embedded.
The most remarkable finding was a significant blue-shift of the B850 excitonic absorption
band at 5 K upon transfer of the LH2 complexes from bulk-buffer solution
into the spin-coated polymer film. Within the molecular exciton model this shift
could be disentangled into three parts, namely to an increase of the local site energies,
a contraction of the exciton band, and a decrease of the displacement energy.
These results help to facilitate the comparison of results from single-molecule studies
with those obtained from ensemble studies.
In the second step (publication P2), fluorescence-excitation and emission spectra
of the same individual LH2 complexes have been recorded at 1.2 K for the first time.
The recorded emission spectra could be related to two classes of complexes with
distinctively different types of emission spectra. One class of antenna complexes
showed spectra with a relatively narrow spectral profile and a clear signature of a
zero-phonon line (ZPL), whereas the other class displayed spectra that consisted of
a broad featureless band. Further analysis of the emission spectra revealed clear correlations
between the peak position and width (FWHM) of the emission band. This
observation clearly indicated that the electron-phonon coupling strength strongly
varies from complex to complex, as well as being a function of the spectral peak
position. Due to long integration times, however, the influence of fast unresolved
spectral diffusion on the width of the broad spectra could not be fully ruled out.
Next, emission spectra of single LH2 complexes were recorded at 1.2 K with enhanced
spectral resolution and significantly reduced exposure times. This allowed
recording of series of emission spectra (100 - 2000) with an unprecedented spectral
and temporal resolution for 26 LH2 complexes. Narrow ZPLs as well as broad structureless
spectra from the same individual complex could be observed, suggesting a strong spectral diffusion. A multivariate statistical algorithm (MSA) was applied
to the emission spectra to surpass weak signal intensities and strong spectral diffusion,
resulting in so-called class-averaged spectra (CAS). From analysis of the
CAS in terms of spectral widths (FWHM) and peak positions it followed that for
each complex the width of the red-most CAS is always larger than the blue-most
CAS, whatever the actual profile of the spectrum looked like. This correlation of
the spectral profiles with peak positions can be interpreted as different electronphonon
coupling strengths within each individual LH2 complex. Moreover, this
study revealed a much larger variety of the emission profiles than previously observed
in P2 and testifies, for the first time, that the electron-phonon coupling of
an individual pigment-protein complex cannot be regarded as static. The measured
linewidths of the ZPLs (smaller/equal than 10 cm-1) in the individual spectra, are the narrowest ever
observed in emission spectra of LH2 complexes. These results have been published
in publication P3.
Finally, the fluorescence-excitation and emission spectra that have been recorded
from individual LH2 complexes at 1.2 K, both showing strong temporal and spectral
fluctuations, were directly compared for each individual complex. This comparison
revealed that for 2/3 of the complexes the fluorescence-excitation spectrum
could not be fully recorded due to the cut-off of the detection filter characteristics.
However, for those complexes with fully recorded fluorescence-excitation spectra,
a correlation of the red-most spectral feature of the excitation spectrum with the
blue-most spectral feature of the emission spectrum allows an unambiguous assignment
of the lowest exciton state. Thus, the combination of fluorescence-excitation
and emission spectroscopy on a single-molecule level allowed to surpass the spectral
and temporal inhomogeneities such that the presence of the lowest exciton state in
the excited state manifold of individual LH2 complexes could be unmasked for the
first time. The results of this approach, which are in good agreement with the data
obtained from spectral hole-burning studies, have been published in publication

Abstract in another language

Ein besseres Verständnis der in der natürlichen Photosynthese auftretenden Lichteinfang-
und Energietransferprozesse, kann zur Entwicklung hocheffizienter, künstlicher,
auf Moleküle basierender Technologien beitragen, welche die Energie der
Sonne zur Energieversorgung der Menschheit nutzbar macht. Als besonders eindrucksvolles
Beispiel kann hier der Lichtsammelantennenkomplex 2 (LH2), welcher
sich im Photosyntheseapparat der anoxygenen nicht-schwefelhaltigen Purpurbakterien
befindet, genannt werden. Aus Pigmenten und Proteinen hat die Natur einen
Komplex auf der Nanoskala gebildet, der hocheffiziente Lichtsammel- und Energietransfereigenschaften
in sich vereinigt. Um mehr über die elektronische Struktur des
LH2 Komplexes der Spezies Rhodopseudomonas (Rps.) acidophila (strain 10050) zu
erfahren, wurden in der vorliegenden Dissertation die absorbierenden und emittierenden
Zustände dieses Antennenkomplexes anhand von Fluoreszenz-Anregungsund
Emissionsspektroskopie im Ensemble und auf der Einzelmolekülebene, bei tiefen
Temperaturen, untersucht.
Die Resultate der Dissertation helfen einige, seit langem bestehende Probleme aufzuklären,
die einerseits auf Diskrepanzen zwischen den Absorptions- und Emissionscharakteristika
isolierter, im Ensemble gemessener LH2 Komplexe von Purpurbakterien
beruhen und andererseits auf widersprüchliche Erkenntnisse aus Ensembleund
Einzelmolekülspektroskopiestudien dieser Pigment-Protein-Komplexe zurückzuführen
In der vorliegenden Arbeit wurde gezeigt, dass die optischen Spektren einer Ensembleprobe
stark von den Präparationsbedingungen der Probe (in Puffer-Detergenz-
Lösung oder eingebettet in einem Polymerfilm) sowie der Temperatur abhängen.
Erstmalig wurden Fluoreszenz-Anregungs- und Emissionsspektren von den gleichen,
einzelnen LH2 Komplexe bei einer Temperatur von 1.2 K gemessen. In diesen
Experimenten konnte ein bedeutender Unterschied zwischen den Emissionsspektren
der Komplexe bezüglich der Korrelation ihrer spektralen Position und ihrer Breite
(Halbwertsbreite, FWHM) festgestellt werden. Dies gab Anlass zu Vermutung, dass
innerhalb der Komplexe verschieden starke Elektron-Phonon-Kopplungen vorherrschen.
Zudem führte es zu der Schlussfolgerung, dass in einigen der untersuchten
Komplexe ein sogenannter Exciton-Self-Trapping Prozess auftritt.
In einem weiterem Experiment wurden Serien von Emissionsspektren einzelner LH2
Komplexen mit einer deutlich verbesserten spektralen und zeitlichen Auflösung bei
einer Temperatur von 1.2 K aufgenommen. Hierbei wurden erhebliche Fluktuationen
der Emissionsprofile beobachtet. Eine Korrelation zwischen der Form und der
Position des Maximums des Spektrums, erbrachte zusätzlich den Nachweis, dass die
Elektron-Phonon-Kopplungsstärke nicht nur innerhalb eines einzelnen LH2 Komplexes
fluktuiert, sondern auch zwischen den Komplexen unterschiedlich ist. Der direkte Vergleich der Fluoreszenz-Anregungs- und Emissionsspektren, welche
von den gleichen, einzelnen LH2 Komplexen aufgenommen wurden, ermöglichte
das Umgehen spektraler und zeitlicher Inhomogenitäten und dadurch für einige
LH2 Komplexe eine eindeutige Bestimmung des untersten, anregbaren Exzitonenzustands.
Dieses Vorgehen lieferte den Beweis, dass die Emission aus dem untersten
Exzitonenzustand eine schmale Null-Phononenlinie aufweisen kann und dass die
Emissionsspektroskopie isolierter LH2 Komplexe zu einem großen Anteil von Fluktuationen
der Elektron-Phonon-Kopplungsstärke innerhalb der einzelnen Komplexe
beeinflusst ist. Die Ergebnisse dieser Arbeit resultierten in vier Publikationen, welche
im Teil II der Arbeit zu finden sind.
Im ersten Schritt (Publikation P1) erfolgte eine umfassende, optische Charakterisierung
von Ensembleproben isolierter LH2 Komplexe als Funktion der Präparationsbedingungen
und der Temperatur mithilfe der Fluoreszenz-Anregungs-,
Emissions- und Fluoreszenz-Anisotropie-Anregungsspektroskopie. Hierbei wurden
spektrale Parameter (Position der Bande, FWHM der Absorptions-/Emissionsbande,
Stokes-Verschiebung, exzitonische Bandbreite, etc.) von LH2 Ensembles, welche
entweder in einer Puffer-Detergenz-Lösung (mit/ohne Glycerol) oder in einem
gespincoateten, dünnen Polymerfilm eingebettet waren, mit denen einer nativen
Membran bei Umgebungs- und Tieftemperatur verglichen. Zwischen den Absorptionsspektren
der LH2 Komplexe, welche sich in der Puffer-Detergenz-Lösung und
im aufgeschleuderten Polymerfilm befinden, wurde bemerkenswerterweise eine erhebliche
Blauverschiebung der B850-Exzitonenbande, bei einer Temperatur von 5
K, festgestellt. Innerhalb des Exziton-Modells konnten dieser Verschiebung drei
Ursachen zugeordnet werden. Erstens einem Anstieg der lokalen Bindungsenergien,
zweitens der Kontraktion der Exzitonenbande und drittens der Abnahme der
sogenannten Displacement-Energie. Diese Erkenntnisse ermöglichen einen besseren
Vergleich zwischen den Resultaten aus Ensemblestudien und denen aus Einzelmolekülexperimenten. Im zweiten Schritt (Publikation P2) wurden Fluoreszenz-Anregungs- und Emissionsspektren
derselben LH2 Komplexe bei 1.2 K erstmalig aufgenommen. Die gemessenen
Emissionsspektren konnten aufgrund ihres Aussehens in zwei Klassen
von Komplexen mit sich stark voneinander unterscheidenden Emissionsspektren
eingeteilt werden. In eine Klasse wurden diejenigen Antennenkomplexe eingeteilt,
welche ein relativ schmales spektrales Profil sowie eine klare Signatur einer Null-
Phononenlinie (ZPL) erkennen ließen. Die andere Klasse hingegen, bestand aus
den Komplexen, deren Emissionsspektren eine breite, unstrukturierte Bande aufwies.
Eine weitere Analyse der Spektren ergab, dass eine klare Korrelation zwischen
der spektralen Position der Bande und ihrer FWHM besteht. Diese Beobachtung
deutete an, dass die Elektron-Phonon-Kopplungsstärke von Komplex zu Komplex
nicht nur stark variiert, sondern auch mit der spektralen Position der Emissionsbande
zusammenhängt. Aufgrund der langen Integrationszeiten, konnte der Einfluss
schneller spektraler Diffusion auf die Halbwertsbreite der Spektren hier jedoch nicht vollständig ausgeschlossen werden.
In einem dritten Schritt wurden die Emissionsspektren einzelner LH2 Komplexe bei
1.2 K mit einer wesentlich höheren spektralen Auflösung und reduzierten Auslesezeiten
aufgenommen. Für 26 LH2 Komplexe konnten so ganze Serien von Emissionsspektren
(100 - 2000) mit bislang unerreichter spektraler und zeitlicher Auflösung
aufgezeichnet werden. In diesen wurden sowohl scharfe Null-Phononenlinien als
auch breite, strukturlose Spektren von ein- und denselben Komplexen beobachtet,
was auf eine starke spektrale Diffusion hindeutete. Die Anwendung eines multivariaten
statistischen Algorithmus auf diese Spektren, mit welchem dem Problem
kleiner Signalintensität und spektraler Diffusion begegnet werden konnte, resultierte
in sogenannten klassengemittelten Spektren (CAS). Eine Analyse der CAS
in Bezug auf ihre Halbwertsbreite und der Position ihrer Maxima ergab, dass für
jeden Komplex die Breite des CAS, welches das Maximum am weitesten im langwelligen
Spektralbereich besitzt, stets größer ist, als dasjenige CAS, dessen Maximum
bei der kürzesten Wellenlänge liegt. Dies gilt unabhängig davon, welches tatsächliche
Profil die Spektren aufwiesen. Eine solche Korrelation der Emissionsprofile mit
ihren spektralen Positionen, kann als unterschiedliche Elektron-Phonon-Kopplung
innerhalb eines jeden einzelnen LH2 Komplexes aufgefasst werden. Überdies, konnte
hierbei, im Gegensatz zur Publikation P2, eine weitaus größere Vielfalt an
Emissionsprofilen nachgewiesen werden, was gleichzeitig ein Beleg dafür ist, dass
die Elektron-Phonon-Kopplung eines einzelnen LH2 Komplexes nicht als statisch
angesehen werden kann. Die gemessenen Linienbreiten der Null-Phononenlinien (kleiner/gleich
10 cm-1) sind die schmalsten, die jemals in LH2 Emissionsspektren beobachtet werden
konnten. Diese Erkenntnisse wurden in der Publikation P3 veröffentlicht. Im letzten Schritt wurden alle, im Rahmen dieser Arbeit bei 1.2 K gemessenen
Fluoreszenz-Anregungs- und Emissionsspektren einzelner LH2 Komplexe, welche
beide starke zeitliche und spektrale Fluktuationen aufwiesen, für jeden Komplex
direkt miteinander verglichen. Aus diesem Vergleich ergab sich, dass, aufgrund
der Detektionsfiltercharakteristik, für zwei Drittel aller Komplexe, das Anregungsspektrum
nicht vollständig aufgenommen werden konnten. Für diejenigen Komplexe
jedoch, deren Anregungsspektren vollständig aufgezeichnet werden konnten, hat die
Korrelation der spektralen Eigenschaften am langwelligen Ende des Anregungsspektrums
mit den spektralen Eigenschaften im kurzwelligen Wellenlängenbereich des
zugehörigen Emissionsspektrums, eine eindeutige Zuweisung des untersten Exzitonenzustands
ermöglicht. Damit konnte gezeigt werden, dass sich durch Kombination
von Fluoreszenz-Anregungs- und Emissionsspektroskopie auf der Einzelmolekülebene,
spektrale und zeitliche Inhomogenitäten umgehen lassen und dadurch eine
Bestimmung des untersten, anregbaren Zustands der B850 Exzitonenbande, für
einzelne LH2 Komplexe möglich ist. Die Ergebnisse dieser Herangehensweise, welche
in der Publikation P4 veröffentlicht wurden, decken sich weitgehend mit den
Daten, die aus spektralen Lochbrennexperimenten gewonnen wurden.

Further data

Item Type: Doctoral thesis
Keywords: Pigment-Protein Complex; Single-Molecule Spectroscopy; Bacterial Photosynthesis; Light-Harvesting Complex; Photosynthetic Excitons; Molecular Excitons; Fluorescence-Excitation; Fluorescence-Emission; Electron-Phonon Coupling Strength
Institutions of the University: Faculties
Faculties > Faculty of Mathematics, Physics und Computer Science
Faculties > Faculty of Mathematics, Physics und Computer Science > Department of Physics
Faculties > Faculty of Mathematics, Physics und Computer Science > Department of Physics > Lehrstuhl Experimentalphysik IX - Spektroskopie weicher Materie > Lehrstuhl Experimentalphysik IX - Spektroskopie weicher Materie - Univ.-Prof. Dr. Jürgen Köhler
Research Institutions
Research Institutions > Research Centres
Research Institutions > Research Centres > Bayreuth Institute of Macromolecular Research - BIMF
Graduate Schools
Graduate Schools > Bayreuth Graduate School of Mathematical and Natural Sciences (BayNAT)
Graduate Schools > Bayreuth Graduate School of Mathematical and Natural Sciences (BayNAT) > Photophysics of Synthetic and Biological Multichromophoric Systems
Faculties > Faculty of Mathematics, Physics und Computer Science > Department of Physics > Lehrstuhl Experimentalphysik IX - Spektroskopie weicher Materie
Result of work at the UBT: Yes
DDC Subjects: 500 Science > 500 Natural sciences
500 Science > 530 Physics
Date Deposited: 07 Jun 2014 21:00
Last Modified: 18 Mar 2016 08:07
URI: https://eref.uni-bayreuth.de/id/eprint/1100