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Möglich, Andreas ; Weinfurtner, Daniel ; Gronwald, Wolfram ; Maurer, Till ; Kalbitzer, Hans Robert:
PERMOL : restraint-based protein homology modeling using DYANA or CNS.
In: Bioinformatics.
Bd. 21
(2005)
Heft 9
.
- S. 2110-2111.
ISSN 1367-4803
DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti276
Abstract
SUMMARY
PERMOL is a new restraint-based program for homology modeling of proteins. Restraints are generated from the information contained in structures of homologous template proteins. Employing the restraints generated by PERMOL, three-dimensional structures are obtained using MD programs such as DYANA or CNS. In contrast to other programs PERMOL is mainly based on the use of dihedral angle information which is optimally suited to preserve the local secondary structure. The global arrangement of these elements is then facilitated by a small number of distance restraints. Using PERMOL homology, models of high quality are obtained. A key advantage of the proposed method is its flexibility, which allows the inclusion of data from other sources, such as experimental restraints and the use of modern molecular dynamics programs to calculate structures.
AVAILABILITY
The software and a detailed manual are available free of charge (http://www.biologie.uni-regensburg.de/Biophysik/Kalbitzer/permol/permol.html)
Weitere Angaben
| Publikationsform: | Artikel in einer Zeitschrift |
|---|---|
| Begutachteter Beitrag: | Ja |
| Zusätzliche Informationen: | PubMed-ID: 15671120 |
| Institutionen der Universität: | Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie > Lehrstuhl Biochemie > Lehrstuhl Biochemie II - Photobiochemie - Univ.-Prof. Dr. Andreas Möglich Fakultäten Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie > Professur Biochemie Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie > Lehrstuhl Biochemie |
| Titel an der UBT entstanden: | Nein |
| Themengebiete aus DDC: | 500 Naturwissenschaften und Mathematik > 540 Chemie |
| Eingestellt am: | 20 Mai 2015 07:10 |
| Letzte Änderung: | 21 Apr 2022 13:39 |
| URI: | https://eref.uni-bayreuth.de/id/eprint/13614 |