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Stiel, André C. ; Nellen, Mehdi ; Höcker, Birte:
PocketOptimizer and the Design of Ligand Binding Sites.
In: Stoddard, Barry L.
(Hrsg.):
Computational Design of Ligand Binding Proteins. -
New York
: Humana Press
,
2016
. - S. 63-75
. - (Methods in Molecular Biology
; 1414
)
(Springer protocols)
ISBN 978-1-4939-3569-7
DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-3569-7_5
Abstract
PocketOptimizer is a computational method to design protein binding pockets that has been recently developed. Starting from a protein structure an existing small molecule binding pocket is optimized for the recognition of a new ligand. The modular program predicts mutations that will improve the affinity of a target small molecule to the protein of interest using a receptor-ligand scoring function to estimate the binding free energy. PocketOptimizer has been tested in a comprehensive benchmark and predicted mutations have also been used in experimental tests. In this chapter, we will provide general recommendations for usage as well as an in-depth description of all individual PocketOptimizer modules.
Weitere Angaben
| Publikationsform: | Aufsatz in einem Buch |
|---|---|
| Begutachteter Beitrag: | Ja |
| Institutionen der Universität: | Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie > Lehrstuhl Biochemie Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Chemie > Lehrstuhl Biochemie > Lehrstuhl Biochemie III - Proteindesign - Univ.-Prof. Dr. Birte Höcker Fakultäten |
| Titel an der UBT entstanden: | Nein |
| Themengebiete aus DDC: | 500 Naturwissenschaften und Mathematik 500 Naturwissenschaften und Mathematik > 540 Chemie |
| Eingestellt am: | 02 Jun 2017 05:52 |
| Letzte Änderung: | 02 Jun 2017 05:52 |
| URI: | https://eref.uni-bayreuth.de/id/eprint/37237 |